Симптомы орнитоза у птиц могут протекать по разному. Так у попугаев, голубей, уток, кур и др. инфекция чаще протекает в латентной форме без видимых признаков (бессимптомно). Иногда она проявляется и клинически, вызывая значительные потери среди птицепоголовья. У попугаев инкубационный период продолжается от пяти дней до нескольких недель, а симптомы орнитоза могут протекать молниеносно, остро или подостро.
Молниеносное течение встречается редко. В этих случаях внешне здоровые птицы погибают в течение нескольких часов. Чаще всего встречается острое течение болезни, которое характеризуется лихорадкой, угнетенным состоянием, отсутствием какой-либо реакции на внешние воздействия.
Птицы сидят, нахохлившись, сонные, со взъерошенными перьями и опущенными крыльями (признаки общей астении). Походка у них становится неуверенной, аппетит исчезает, дыхание затруднено. Из носовых ходов и внутреннего угла глаза вытекает серозно-слизистый экссудат. Появляется жидкий стул. Помет зеленоватый, часто белый из-за обилия солей мочевой кислоты, иногда в экскрементах встречаются вкрапления крови. Птицы сильно ослабевают, дыхание становится шумным, появляются кашель и хрипы.
При таком клиническом течении орнитоз продолжается 4—8 дней. Изредка птицы медленно выздоравливают, и остаются лишь слабое истечение из носа и пищеварительные расстройства, выражающиеся в перемежающихся запорах и поносах. Подострое течение орнитоза у птиц не имеет характерных симптомов и обычно заканчивается выздоровлением. У птиц других видов признаки клинического течения болезни такие же, как у попугаев. Так, у голубей понос является типичным симптомом. У больных особей перья загрязнены жидкими экскрементами, содержащими включения серо-зеленоватого цвета. Характерны также тяжелые респираторные расстройства.
У домашней птицы (куры, индейки, утки) инфекция протекает бессимптомно. Ферма производит впечатление благополучной, яйценоскость сохраняется на обычном уровне, однако значительно снижены оплодотворяемость и выход цыплят. У тех птиц, которые переболевают клинически, отмечаются те же симптомы орнитоза, что и у попугаев. У многих особей проявляется конъюнктивит, при котором воспалено все глазное яблоко.
Цыплята более восприимчивы, чем взрослая птица, и болезнь протекает у них в более тяжелой форме. Наблюдаются пищеварительные, респираторные и нервные расстройства. У утят болезнь также протекает тяжелее, чем у взрослых особей на фоне выраженных респираторных расстройств, выделений из глаз, неуверенной походки, поноса и т. д. Спустя 7—10 ч после начала болезни утята впадают в коматозное состояние и погибают в течение 3—4 ч.