У крупного рогатого скота инкубационный период ящура продолжается в среднем 6—8 дней с колебаниями от 16 ч до 20 дней. Различают две формы ящура у животных: доброкачественную, с легким течением и злокачественную, отличающуюся более тяжелым течением.
При доброкачественном течении на слизистой оболочке ротовой полости развиваются афты, наблюдается обильное слюнотечение, что затрудняет пережевывание корма. Афты, как правило, размещаются на внутренней поверхности губ, деснах, слизистой оболочке языка. Спустя 2—3 дня афты лопаются, появляются язвы круглой или овальной формы. Из афт выделяется высоковирулентный вирус. Афты образуются также в межкопытцевой щели и на венчике, обычно на нескольких конечностях, что вызывает хромоту.
Жидкость в афтах конечностей значительно чаще, чем в других местах, становится гнойной. Появляются афты и на вымени, главным образом на сосках. Болезненность сосков затрудняет или делает невозможным доение, развивается мастит. Доброкачественная форма может осложняться тяжелым маститом, потерей копытного башмака, энтеритами, миозитами, глубокими абсцессами и др. Злокачественная форма ящура у животных сопровождается острыми геморрагическими энтеритами, некрозом рубца и книжки или бронхопневмонией и гангреной легких. возникновение сердечно-сосудистых расстройств — характерная особенность злокачественной формы ящура. При злокачественном течении ящура может погибать до 60 % животных спустя 3—6 дней.
У овец обнаруживают многочисленные поражения конечностей, особенно грудных, в области венчика, межкопытцевой щели и на подошве. В отличие от крупного рогатого скота у овец поражения на слизистой ооолочке ротовой полости встречаются реже и появляются позже, чем на конечностях. Болезнь обычно протекает легче и проходит незамеченной или выявляется в виде хромоты. От овец может заражаться крупный рогатый скот. У свиней афты появляются на пятачке, особенно часто поражаются конечности. Иногда встречаются очень тяжелые формы, которые приводят к спаданию рогового башмака копытец и гангрене.
Диагностировать ящур у животных в период эпизоотии очень легко. Вне очагов болезни или при появлении первых случаев его можно спутать с инфекционным везикулярным стоматитом, папулезным стоматитом, везикулярной экзантемой свиней, злокачественной катаральной горячкой, некробациллезом овец, воспалением десен при смене зубов, грибковым стоматитом и т. д.
